En 1225 les Dominicaines de Saint-Marc s'installent à l'hôpital et à la chapelle Saint-Marc, hors des murs de Strasbourg, puis en 1230 à la Plaine des Bouchers qu'elles quittent pour fonder en 1477 leur couvent à l'emplacement actuel. C'est en 1687 que les chevaliers de Malte reçoivent la clef du couvent et le dédient à Saint-Jean-Baptiste. Gravement touchée lors des bombardements alliés de 1944, l'église est restaurée en 1964 par l'architecte Robert Will. L'église Saint-Jean-Baptiste s'étire le long du quai Saint-Jean, sa remarquable toiture à 3 étages est munie de lucarnes et surmontée d'un très beau clocher. L'édifice possède une nef unique plafonnée comme le choeur, elle accueille un orgue Schwenkedel; quant aux vitraux, ils ont été réalisés en 1965 par Werlé. L'église Saint-Jean-Baptiste de Strasbourg est inscrite à l'inventaire des Monuments Historiques depuis 1946.